A população primitiva do Acre era formada principalmente
pelos índios arawaks, que habitavam as margens dos rios Purus e Juruá (o nome do
Estado deriva do Rio que banha a capital Rio Branco).
Na partilha de Tordesilhas, em 1494, a região (ainda não descoberta) pertencia à Espanha. O Tratado de Santo Ildefonso, de 1777, reafirmou a posse da região para os espanhóis.
Nos anos 1860, têm-se notícias da emigração de brasileiros para a região do Acre, para exploração do látex da seringueira, que produz a borracha.
O Tratado de Amizade, Limites, Navegação, Comércio e Extradição, assinado em La Paz de Ayacucho, por Brasil e Bolívia, em 27 de março de 1867, estabeleceu que a região do atual Estado do Acre pertencia à Bolívia. Foi usado o princípio uti possidetis, de tradição secular no direito internacional, que reconhece como legítimo o poder daquele estado que mantém o controle político e militar sobre a região em litígio. Esse mesmo princípio foi a base dos tratados anteriores, para a região, feitos entre Portugal e Espanha. O Tratado de Ayacucho também garantia certa liberdade de navegação nos rios da região, para os dois países, e permitia aos bolivianos o transporte, por terra, entre os rios Mamoré e Madeira (área do atual Estado de Rondônia).
É importante o contexto histórico desse Tratado, que envolvia muito mais do que os limites entre os dois países. A Bolívia é vizinha do Paraguay, que travava uma guerra com o Brasil, desde 1864, e tropas paraguayas haviam invadido o Brasil.
O Tratado de Ayacucho foi negociado pelo pernambucano Felippe Lopes Netto, Ministro Plenipotenciário enviado à La Paz. Foi promulgado pelo Decreto nº 4.280, de 28 de novembro de 1868, assinado por D. Pedro II e pelo baiano José Maria da Silva Paranhos, Visconde do Rio Branco e pai do Barão do Rio Branco, que mais tarde negociaria novas fronteiras com a Bolívia. O Visconde era, então, Ministro e Secretario de Estado dos Negócios Estrangeiros.
Em 1895, criou-se uma comissão mista, Brasil e Bolívia, para demarcar a fronteira entre os dois países, chefiada por Gregório Thaumaturgo de Azevedo. Outras duas comissões foram organizadas em 1897 (chefiada por Augusto Cunha Gomes) e 1901 (chefiada por Louis Cruls).
Por volta de 1880, já existiam cerca de 60 mil imigrantes brasileiros no Acre, vindos de muitas partes do Brasil, especialmente do Nordeste.
Em agosto de 1896, Severo Fernández Alonso Caballero assumiu a Presidência da Bolívia. Alguns colonos bolivianos foram enviados às terras do Acre e, em 3 de janeiro de 1899, estabeleceu-se em Puerto Alonso (atual Porto Acre), na divisa com o Estado do Amazonas, uma sede administrativa para a cobrança de impostos. A Bolívia impôs uma tarifa de 30% sobre a exportação da borracha.
Nos anos seguintes, até 1903, as terras do Acre foram palco de conflitos políticos e militares.
Em 1899, houve o incidente da canhoneira estadunidense Wilmington, que veio em missão no Rio Amazonas, navegando de Belém até Iquitos, no Peru. Os estadunidenses avaliavam oportunidades comerciais na região e encontraram-se com representantes bolivianos para a realização de acordos relativos às terras do Acre.
Em 30 de abril de 1899, seringueiros e seringalistas brasileiros, insatisfeitos com os impostos, assumiram o controle de Puerto Alonso. Estabeleceram uma Junta Revolucionária presidida por Joaquim Domingos Carneiro.
Em 14 de julho de 1899, o jornalista espanhol Luis Gálvez Rodríguez de Arias foi aclamado Presidente do Estado Independente do Acre, com apoio do Governo do Estado do Amazonas. A capital era a Puerto Alonso, rebatizada como Cidade do Acre.
Gálvez propôs a anexação do Acre ao Brasil, mas o movimento foi logo condenado pelo governo brasileiro. Para levar adiante sua ideia de república, Gálvez estabeleceu um imposto de 20% sobre a borracha. O resultado é que ele perdeu o apoio do Amazonas e dos seringueiros, sendo substituído por Souza Braga.
Em 25 de outubro de 1899, José Manuel Pando Solares assumiu a presidência da Bolívia.
Em 28 de dezembro de 1899, o seringalista Antônio de Souza Braga assumiu a Presidência do Estado Independente do Acre, mas Gálvez retornou ao posto em 30 de janeiro de 1900.
Em março de 1900, o Governo brasileiro enviou uma força militar à região para garantir o direito dos bolivianos. A Bolívia reassumiu parcialmente o controle da região e os conflitos continuaram.
O The New York Times, de 25 de novembro de 1900, relatou que Henry W. Phillips, Ministro da República do Acre, com capital em "Arieopolis", estava a caminho de Washington em busca de reconhecimento para o novo País. Quatro dias depois, o NYT citou que a República do Acre havia sido extinta três meses antes. O mal informado jornal estadunidense observou que só recentemente tivera conhecimento dos conflitos na área. Em verdade, o Presidente William McKinley, em sua mensagem anual publicada no mesmo jornal, em 6 de dezembro de 1899, citou "Early in the year the peace of Bolivia was disturbed by a successful insurection."
Em 1901, o governo boliviano entregou a exploração econômica e administração das terras do Alto Acre ao Bolivian Syndicate, uma empresa criada em Londres, com capital majoritário estadunidense. O Bolivian Syndicate possuía envolvimento indireto do Governo dos EUA, o que irritou o Governo brasileiro. Em resposta, o Brasil fechou vias fluviais e enviou tropas do Exército para a fronteira.
Em 1902, seringueiros brasileiros, liderados pelo gaúcho José Plácido de Castro, ocuparam Xapuri (Mariscal Sucre) e Puerto Alonso e novamente proclamaram a independência do Acre.
Nos meses seguintes, Brasil e Bolívia começaram a discutir a Questão do Acre, para uma nova definição de limites entre os dois países. O Barão do Rio Branco era o Ministro das Relações Exteriores e convidou o jurista baiano Ruy Barbosa para participar da comissão que estudava a Questão do Acre.
Além da exploração da borracha, existia uma questão estratégica para os bolivianos: uma saída para o mar. Essa seria feita através dos rios Madeira e Amazonas. A Bolívia queria o domínio sobre a margem esquerda do Rio Madeira o que contrariava a soberania brasileira.
Ruy acreditava que o Acre já seria nosso por critérios do direito internacional. Em todos os tratados anteriores, para aquela área, foi usado o princípio uti possidetis. Por esse princípio, o Acre já era claramente brasileiro. Ruy também acreditava que, em uma consulta internacional, o resultado seria favorável ao Brasil, mas o Barão não concordou. Ruy também não concordava com a postura vacilante, de certa forma omissa, do Governo Federal, com relação aos brasileiros no Acre. Ruy deixou a comissão e publicou sua Exposição de Motivos do Plenipotenciário Vencido.
A negociação com a Bolívia, resultou no Tratado de Petrópolis, assinado em 17 de novembro de 1903. Esse Tratado foi aprovado pelo Congresso Nacional e sancionado pelo Presidente, pelo Decreto nº 1.179, de 18 de fevereiro de 1904.
Por esse Tratado, terras do Mato Grosso foram cedidas à Bolívia, o Brasil pagou uma indenização de dois milhões de libras esterlinas e assumiu o compromisso de construir a Estrada de Ferro Madeira-Mamoré (concluída em 1912), no atual Estado de Rondônia, buscando o escoamento de produtos bolivianos pelo Rio Amazonas. O Brasil também concordou em indenizar o Bolivian Syndicate, pagando 110 mil libras esterlinas. Em troca, o Brasil ficou com o Acre, mas não saiu barato.
O Decreto nº 1.181, de 25 de fevereiro de 1904, do Presidente Rodrigues Alves, autorizou o próprio Presidente a administrar provisoriamente o Território "reconhecido brazileiro, em virtude do tratado de 17 de novembro de 1903 entre o Brazil e a Bolivia" (Aqui, o Acre ainda não tinha nome oficial).
A região foi incorporada ao Brasil como o Território do Acre, de acordo com o Decreto Federal nº 5.188, de 7 de Abril de 1904. O Território foi organizado em três departamentos administrativos (autônomos): Alto Acre, Alto Purus e Alto Juruá, cujos prefeitos eram nomeados pelo Presidente da República.
O Departamento do Alto Acre tinha sede administrativa em Porto Acre, que passou a ser também sede da Mesa de Rendas do Território, pelo Decreto nº 4.786, de 7 de Março de 1903, subordinada à Delegacia Fiscal no Estado do Amazonas.
O Departamento do Alto Purus foi estabelecido pelo General Siqueira de Menezes, o primeiro prefeito, em 25 de setembro de 1904. Nas terras do Seringal Santa Fé, o General fundou a Vila de Sena Madureira, como sede do Departamento.
Em fevereiro de 1912, foi criado o quarto departamento do Acre (Decreto nº 9831): o Departamento de Tarauacá, instalado em 13 abril de 1913. O Atlas F. Briguiet & Cia, de 1923, apresenta a divisão política do Acre, na época.
Por volta de 1915, o telégrafo chegou a Rio Branco, através de uma linha conectada a Cuiabá. Esse empreendimento foi chefiado por Cândido Rondon.
Nos anos 1920, o Território do Acre foi unificado, o Governador sendo indicado pelo Presidente da República.
Em 1929, Rio Branco tornou-se capital do antigo Território do Acre.
Em 15 de junho de 1962, o Presidente João Goulart sancionou a Lei no 4.070, decretada pelo Congresso Nacional, que elevou o Acre à categoria de Estado da Federação. Em outubro do mesmo anos, José Augusto de Araújo foi eleito o primeiro Governador do Estado do Acre.
Em 1988, o ambientalista acreano Chico Mendes foi assassinado.
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